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趁机预告一波

BIOMAMBA Biomamba 生信基地 2023-06-15

想着给大家把单细胞测序的数据分析全部做成去代码化的,鼠标点点就在本地输出分析结果的那种,有时间做就发给大家,没时间做就当愚人节给大家乐呵乐呵。以下附上两个粗糙的测试视频:









单细胞合辑:


如果你还没学完基础课程,一定要跟着下面蓝色超链接的顺序走,每篇文章中的超链接要点开看(按顺序掌握自然没有疑问):

B站视频,先看一遍视频再去看推送操作,建议至少看三遍:https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
保姆级教程,代码部分整理在往期推送之中:手把手教你做单细胞测序数据分析(一)——绪论
手把手教你做单细胞测序数据分析(二)——各类输入文件读取
手把手教你做单细胞测序数据分析(三)——单样本分析
手把手教你做单细胞测序数据分析(四)——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析(五)——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析(六)——组间差异分析及可视化手把手教你做单细胞测序数据分析(七)——基因集富集分析

上游fastq文件处理:
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件:dropseqRunner


其他单细胞相关技术贴也在这里:细胞的数量由誰决定?单细胞中应该如何做GSVA?答读者问(三):单细胞测序前景答读者问(四):如何分析细胞亚群答读者问(六):Seurat中如何让细胞听你指挥答读者问(八):为什么Read10X也会报错?
答读者问(十)整合后的表达矩阵,如何拆分出分组信息?
答读者问(十一)如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件?



单细胞文献阅读:文献阅读系列(三)、单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化
文献阅读系列(四)、单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异文献阅读系列(六)、小鼠全肾单细胞测序开篇之作文献阅读系列(七)、一篇不花钱就能白嫖的文章文献阅读系列(八)、不会吧不会吧,Nature都能白嫖?文献阅读系列(十一)、高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱文献阅读系列(十二)、IgAN & STRT-Seq



非技术帖:关于单细胞的事 谈谈后面的计划
Biomamba助推的第一篇论文发表啦





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